O PNDH-3, no âmbito dos direitos humanos, foi marcado por inovar a discussão acerca da luta por democracia e participação social, temática inexistente nos documentos anteriores (PNDH-1 e PNDH-2). 

A publicação do PNDH-3 reforçou a necessidade de se garantir uma administração eficaz da política de direitos humanos no Brasil.

A Conferência Nacional de Direitos Humanos no Brasil marcou uma retomada significativa do processo de justiça de transição, com foco em reparação e memória, conforme refletido no PNDH-3, e consolidou grandes avanços no que se refere às reformas institucionais e à justiça efetiva no país.

Cabe estritamente ao Ministério da Justiça e à Secretaria Especial dos Direitos Humanos da Presidência da República (SDH/PR) o cumprimento das metas e das diretrizes estratégicas definidas no PNDH-3. 

Grupos em situação mais vulnerável, tais como indígenas, migrantes, trabalhadores sem terra e homossexuais, somente receberam garantia de atenção e apoio, por meio de programas para prevenção da violência, após a publicação do PNDH-2.